Der Schweizer fehlte bei der Einheit laut Club-Angaben wegen Magen-Darm-Beschwerden.
Thomas Müller, der bei der öffentlichen Einheit am Dienstag noch aufgrund einer Belastungssteuerung pausiert hatte, trainierte wieder mit dem Team.
Die Münchner wollen ihre Tabellenführung am Samstag (18.30 Uhr) zu Hause gegen Pokalsieger RB Leipzig behaupten. Verfolger Borussia Dortmund ist am Sonntag beim FC Augsburg zu Gast. Der FC Bayern führt die Tabelle zwei Spieltage vor Saisonende mit einem Punkt vor dem BVB an.
Am Dienstagnachmittag stand Außenverteidiger Josip Stanisic wieder mit seinen Teamkollegen auf dem Platz. Der Kroate hatte sich Anfang Mai einen Muskelfaserriss im linken Adduktorenbereich zugezogen.
(dpa)