Vor 37 500 Zuschauern im ausverkauften St.-Jakob Park waren die Gäste durch einen verheerenden Ballverlust von Daniel van Buyten in Rückstand geraten. Der ehemalige Bundesliga-Profi Alexander Frei nutzte dies mit seinem ersten Tor in der Königsklasse zur Führung (18.). Nach dem zweiten Sieg bleiben die Bayern mit sechs Punkten Tabellenführer der Gruppe E und halten weiter Kurs auf das Achtelfinale.
"Wir sind besser als im letzten Jahr - wir haben sechs Punkte. Ich bin sehr froh", meinte Bayern-Trainer Louis van Gaal und riskierte schon einen Blick auf das schwere Bundesliga-Auswärtsspiel bei Borussia Dortmund: "Vielleicht können wir dort wieder für eine Überraschung sorgen."
"Sicherlich ist es glücklich, wenn man in der 89. Minute den Siegtreffer erzielt", gab Bayerns Vorstandsvorsitzender Karl-Heinz Rummenigge zu. "Tabellenführer und sechs Punkte - das war unser Ziel. Und das haben wir erreicht." Basels deutscher Trainer Thorsten Fink, der 2001 mit dem FC Bayern die Champions League gewann, war dagegen "sehr enttäuscht. Sehr schade, dass wir das Spiel heute noch verloren haben. Aber wir gehen erhobenen Hauptes aus der Partie. Platz zwei in der Gruppe ist immer noch drin."
Einen Tag nach seiner Vertragsverlängerung stellte van Gaal das Team nur auf einer Position um: Für Ivica Olic kam zumindest für eine Halbzeit Hamit Altintop, der auf der rechten Seite den verletzten Arjen Robben ersetzte. Damit gab der Trainer der ganzen Mannschaft ein Signal - und die Chance zur Wiedergutmachung. Und dies versuchten die Bayern in der Anfangsphase auch ganz entschlossen, sie diktierten das Spiel, wirkten spritzig und hellwach.
Der deutsche Meister hatte auch die erste Chance: Nach einem schönen Solo von Philipp Lahm zog Toni Kroos aus dem Hinterhalt ab, Basel-Keeper Franco Costanzo lenkte den Ball mit den Fingerspitzen gerade noch um den langen Pfosten (11.). Die nächste gute Gelegenheit vergab Bayerns Abwehrturm van Buyten fahrlässig (15.), drei Minuten später leitete der lange Belgier das 0:1 mit einem Ballverlust in der Vorwärtsbewegung ein. Nach Hackenablage von Marco Streller vollendete Frei die Co-Produktion der früheren Bundesliga-Profis aus 14 Metern eiskalt.
Ein Schock für die Münchner, die fast eine Viertelstunde brauchten, um sich neu zu orientieren und wieder Ordnung ins Spiel zu bringen. Die Präzision für den entscheidenden Pass fehlte aber, Torgefahr kam nicht auf. Glück hatte der Vorjahres-Finalist in der 29. Minute, als der frühere Frankfurter Benjamin Huggel beim von den Basel-Fans schon bejubelten Tor im Abseits stand (29.). Drei Tage nach dem 1:2-Tiefschlag durch Mainz in der Bundesliga wackelte die Bayern-Abwehr zudem in vielen Szenen wieder bedenklich. Schlussmann Hans-Jörg Butt verhinderte das 0:2, als er einen Schuss von Xherdan Shaqiri gerade noch abwehren konnte (40.).
Van Gaal musste reagieren. Der Holländer nahm Altintop zur Pause vom Platz und brachte Mario Gomez als zweiten Stürmer. Mit dem 4:2:2- System sollte die Präsenz im gegnerischen Strafraum erhöht werden. Und die Umstellung zahlte sich aus, die Bayern erhöhten Druck und Torgfahr. Mit energischem Einsatz erzwang Müller den Strafstoß; Huggel hatte ihn zu Fall gebracht. Schweinsteiger verwandelte sicher: Sein sechster Treffer im 49. Champions-League-Spiel - Nummer sieben folgte kurz vor dem Schlusspfiff.
Fink hatte nach der 1:2-Auftaktniederlage beim rumänischen Titelträger CFR Cluj voll auf Attacke gesetzt. Bis zum 1:1 ging das Konzept auf - dann kamen die Bayern, van Gaals Elf kontrollierte die Partie nun. Beim Schuss von Miroslav Klose (73.) war Costanzo auf dem Posten (73.). Müller (83.) und Olic (85.) hatten weitere gute Chancen.