Der HSV trifft in der Gruppe C auf Celtic Glasgow mit dem deutschen Nationalspieler Andreas Hinkel, Hapoel Tel Aviv und den österreichischen Vizemeister Rapid Wien. Zu einem weiteren deutsch-österreichischen Duell kommt es in der Gruppe L, wo Pokalsieger Werder auf Austria Wien trifft. Weitere Gegner der Norddeutschen, die das letzte UEFA-Pokal-Finale gegen Schachtjor Donezk verloren hatten, sind der spanische Pokal-Finalist Athletic Bilbao und die Portugiesen von Nacional Funchal.
Hertha BSC bekommt es in der Gruppe D mit Portugals Vizemeister Sporting Lissabon, dem niederländischen Cupsieger SC Heerenveen und FK Ventspils aus Lettland zu tun. Dies ergab die von Hamburgs Fußball-Idol Uwe Seeler vorgenommene Auslosung in Monte Carlo.
Die Gruppenspiele werden vom 17. September bis 17. Dezember ausgetragen. Die beiden Erstplatzierten aus den zwölf Vierer-Staffeln erreichen die erste K.o.-Runde, zu der auch die Gruppen-Dritten der Champions League stoßen. Das Finale im UEFA-Cup-Folgewettbewerb findet am 12. Mai 2010 in der Hamburger WM-Arena statt.
Jedem der 48 Starter sind in der Gruppenphase 900 000 Euro sicher, für ein Unentschieden werden die Vereine zusätzlich mit 60 000, für einen Sieg mit 120 000 Euro entlohnt. Der Sieger des Endspiels kann maximal 6,06 Millionen Euro an Prämien einstreichen. Hinzu kommen Zuschauereinnahmen und die Vergütung aus dem Vermarktungspool der UEFA.