Zwischen April und September 2019 feiert Neu-Ulm sein Jubiläum „150 Jahre Stadterhebung“. Die
Lange mussten Neu-Ulms Gottesdienstbesucher – Katholiken wie Protestanten – auf eigene Kirchengebäude warten. Noch Mitte des 19. Jahrhunderts, als die Gemeinde bereits weit über 1000 Einwohner zählte, waren katholische Christen der Pfarrei Burlafingen, evangelische jener in Pfuhl zugeordnet. Erst 1860 wurde die katholische, sieben Jahre später die evangelische Kirche geweiht.
Schon 1840 hatte sich der katholische Pfarrer von Burlafingen, Thaddäus Blankenhorn, schriftlich an Bayerns König Ludwig gewandt und Klage über die mangelhafte Fürsorge um die Katholiken Neu-Ulms geführt. Sie scheuten die weiten Wege bei Wind und Wetter herüber nach Burlafingen und erschienen dort daher nur selten zum Gottesdienst. Auch vermissten sie eine schöne Kirchenmusik, wie Ferdinand Zenetti für die Neu-Ulmer Chronik von 1994 ermittelt hat. Selbstverständlich war es den Neu-Ulmern beider Konfessionen unbenommen, mit kurzen Wegen auf der Herdbrücke die Donau zu überqueren und die Gottesdienste im protestantischen Münster oder in der katholischen Wengenkirche zu besuchen. Dort aber seien die Kirchgänger von jenseits der
Während also die Kirchen auf sich warten ließen, wurden nach Konfessionen getrennte Schulen schon recht früh in Neu-Ulm eingeführt. Für die erst noch wenigen katholischen Kinder wurde der Unterricht 1832 aufgenommen, allerdings noch über Jahrzehnte hin in gemieteten Räumen, darunter auch Privatwohnungen. Evangelischen Kindern, die bis dahin in Pfuhl unterrichtet worden waren, öffneten sich die Schultüren erstmals 1834.
Dass es mit den Kirchen so viel länger dauerte als mit den Schulen, hängt wohl mit den anfangs nur langsam wachsenden Einwohnerzahlen zusammen. Schließlich aber gab es ja auch für Kirchgänger die Hilfsangebote in Burlafingen, Pfuhl und Ulm.
Noch 1818 lebten auf Neu-Ulmer Donauseite erst 46 Familien, davon allein 22 im weitaus älteren Offenhausen. Allerdings war schon 1811 eine Simultankirche im Gespräch gewesen, ein Gotteshaus also von beiden Konfessionen gemeinsam zu nutzen. Auch im „Grundplan“ von 1845, der die Bebauung der Flächen innerhalb des Mauerrings der Bundesfestung regelte, waren bereits zwei Kirchengebäude vorgesehen. Doch erst 1854, fast anderthalb Jahrzehnte nach Pfarrer Blankenhorns „Brandbrief“ an den Landesherrn ordnete König Maximilian den Bau einer katholischen Kirche an. Den Grundstein legte 1857 auf der „Herbelwiese“ Augsburgs Bischof Michael von Deinlein. Geweiht wurde sie als Kriegergedächtniskirche fünf Jahre später von Bischof Pankratius von Dinkel auf den Namen Johannes Baptist. Genutzt worden war sie bereits seit November 1860 – gelegentlich auch von der evangelischen Kirchengemeinde. Architekt Georg Freiherr von Stengel, Königlicher Civilbauinspector in Augsburg, hatte Neu-Ulms Katholiken einen Kirchenbau in neuromanischem Stil entworfen, einschiffig mit Chor und Apsis. Den quadratischen Glockenturm stellte er in den von Chor und Langhaus gebildeten südwestlichen Gebäudewinkel. Den freien Platz vor dem Kirchenportal an der Augsburger Straße nahm ein großzügig angelegtes Kriegerdenkmal ein.
Schon zur Jahrhundertwende erwies sich die Kirche angesichts der nun doch stetig wachsenden Bevölkerungszahl als zu klein angelegt. Zwar wurde 1904 ein Kirchenbauverein gegründet mit dem Ziel, Gelder einzusammeln und einen Erweiterungsbau vorzubereiten. Doch warf der Erste Weltkrieg das Vorhaben um Jahre zurück. Erst 1922 konnte der 42 Jahre alte Baumeister Dominikus Böhm aus Scheppach im Landkreis Günzburg mit dem Umbau beginnen. Die Portalwand der bestehenden Kirche ersetzte er durch einen mächtigen Querbau mit hoher Eingangshalle, zwei Seitenarmen und Orgelempore. Den Innenraum erweiterte er um zwei Seitenschiffe, denen er eine Tauf- und eine Chorkapelle, die von ihm so bezeichnete „Lichtturbine“, sowie die Sakristei anfügte. Als Baumaterial setzte Böhm Abbruch aus den teilweise geschleiften Werken der Bundesfestung ein. Nach vierjähriger, von der Inflation der 20er Jahre verursachten Bauunterbrechung eröffnete Augsburgs Weihbischof Franz Reth im Oktober 1927 den Erweiterungsbau.
In den letzten Tagen des Zweiten Weltkriegs warfen 500 amerikanische Kampfflugzeuge 102000 Bomben über Ulm und Neu-Ulm ab. In den Innenstädten kamen 154 Menschen ums Leben. Die Stadtzentren wurden zu großen Teilen zertrümmert. Neu-Ulms Johanneskirche war nach einem Bombentreffer im Mittelteil erheblich beschädigt. Professor Dominikus Böhm machte sich bereits im Januar 1946 an den Wiederaufbau seiner Kirche. Um mehr Licht hineinzubringen, verbreiterte er auf Wunsch der Pfarrgemeinde die hohen schmalen Fenster in den Seitenschiffen und fügte auch Glas in den Chor ein. Das Böhmsche Lichtkonzept der optischen Hinführung auf den Altarraum als geistige Mitte der Kirche wurde damit verstärkt.