Wirklich geklärt ist die Todesursache bis heute nicht. Neben der Diagnose "hitziges Frieselfieber", die vom Totenbeschauer konstatiert wurde,  ist auch von Rheuma, Syphilis, Herzversagen und Aderlass die Rede.  Mozart selbst war offenbar davon überzeugt, vergiftet zu werden. Angeblich äußerte er sich gegenüber seiner Frau Konstanze wenige Wochen vor seinem Tod während eines Besuchs auf dem Wiener Prater dazu mit den Worten: "Gewiß, man hat mir Gift gegeben."
Die wohl berühmteste Legende, die sich um den Tod des Komponisten rankt,  schreibt seinem angeblich eifersüchtigen Kollegen Antonio Salieri die Täterschaft zu. Diese Mord-Variante wird auch von Milos Formans bekanntem "Amadeus"-Spielfilm bedient: Darin wird geschildert, wie Antonio Salieri seinen Konkurrenten mit Quecksilber vergiftet. Vermutlich ist die Todesursache aber nicht in einem heimtückischen Mord, sondern bereits in einer Erkrankung Mozarts während seiner Kindheit zu suchen. Wissenschaftler tendieren dabei zu einer Infektion mit Staphylokokken, welche wohl nur unzulänglich behandelt wurde und deshalb letzlich zu einem Herz- oder Organversagen führte.
Gegen die Mord-Variante mit Gift spricht auch, dass die Symptome dieses Gifttodes im 18. Jahrhundert bereits hinlänglich bekannt waren. "Mozarts behandelnde Ärzte, zwei Koryphäen ihres Fachs, und der versierte Leichenbeschauer hätten die Anzeichen unmöglich übersehen können", sagt der Mediziner und Musiker Anton Neumayr. Neumayr glaubt an eine rheumatische Gelenkentzündung, die das Genie aufs Sterbebett geworfen haben soll. Die Fachleute sprechen von einer "perakuten Verlaufsform", in der das Fieber rapide ansteigt und der Patient binnen Tagen an einer Lähmung der Hirnzentren stirbt.
Warum konnten sich die Gerüchte dann bis heute hartnäckig halten? Futter für die Spekulationen war unter anderem auch ein mysteriöses Ereignis einige Zeit vor Mozarts Tod: Eines Abends klopfte damals ein Bote an die Türe der Familie Mozart. Er erteilte dem Komponisten im Namen eines Unbekannten den Auftrag, ein Requiem - eine Totenmesse - zu schreiben. Mozart erfuhr nie, wer der Auftraggeber war. Fachleute vermuten, dass Franz Graf von Walsegg-Stuppach, dessen Frau gerade jung verstorben war, hinter dem geheimen Auftrag steckte. Manche gehen davon aus, dass der Graf selbst die Lorbeeren für das Werk einstecken wollte - deshalb die Geheimhaltung.
Wo genau Mozarts Gebeine auf dem Friedhof von St. Marx begraben sind, weiß bis niemand. Heute findet der Besucher am ungefähren Begräbnisort - gleich neben einer Autobahn in der Einflugschneise des Flughafens Wien-Schwechat - ein nachträglich errichtetes Grab. Die Bestattung Mozarts wurde immer wieder heftig kritisiert. Dass einer der berühmtesten Komponisten der Welt kein pompöses Begräbnis und kein stattliches Grabmal bekommen hat, liegt aber auch daran, dass noch niemand ahnte, wie berühmt Mozart und seine Musik einmal werden würden. Deshalb ließ seine Ehefrau Konstanze ihn so begraben, wie es den bescheidenen Lebensverhältnissen der Familie entsprach. Im Gegensatz zu heute waren Massenbegräbnisse damals durchaus üblich. Auch der Dichter Friedrich Schiller wurde rund 15 Jahre später in einem solchen Massengrab beigesetzt.