Als Präfekt der Glaubenskongregation habe Joseph Ratzinger - der heutige Papst Benedikt XVI. - allen Bischöfen unter Androhung kirchenrechtlicher Strafen untersagt, Missbrauchsfälle an die Öffentlichkeit zu tragen. Wegen dieses Schreibens vom 18. Mai 2001 sei er der Hauptverantwortliche für die Vertuschung, sagte Hasenhüttl der "Saarbrücker Zeitung" (Montag).
Der Theologe kritisierte zugleich den Hirtenbrief von Benedikt XVI. zu sexuellem Missbrauch in der irischen Kirche. Der Hirtenbrief sei enttäuschend, weil er auf die entscheidenden Probleme überhaupt nicht eingehe, meinte Hasenhüttl. Benedikt wolle die Taten "relativieren", indem er schreibe, dass die Missbrauchsfälle kein rein kirchliches Problem seien. Aber wenn die Kirche sich als Hüterin der Moral ausgebe, könne sie nicht so argumentieren. "Wenn in Familien Missbrauch geschieht, ist das keine Rechtfertigung, dass es ihn auch in der Kirche gibt", sagte er.
Hasenhüttl war 2003 in einem innerkirchlichen Streit vom Priesteramt suspendiert worden. Anfang 2006 entzog ihm die Kirche auch ihre Lehrerlaubnis.