Nach den Vorwürfen, er habe gelogen und zusätzlich als Stadtpfarrer Stiftungsgelder zweckentfremdet, wendete sich das Blatt, und Mixa bot seinen Rücktritt an. Nachdem der Verdacht des sexuellen Missbrauchs hinzukam, konnte sich
Die Staatsanwaltschaft Ingolstadt hat Vorermittlungen wegen sexuellen Missbrauchs gegen Mixa eingeleitet, wie das bayerische Justizministerium am Freitag bestätigt hatte. Die entsprechenden Hinweise waren vom Ordinariat selbst an die
Mixa sorgte regelmäßig mit umstrittenen Äußerungen für Aufsehen. Es gab das Wort von den "Gebärmaschinen", zu denen Mütter durch die Familienpolitik der damaligen schwarz-roten Bundesregierung herabgewürdigt würden. Für einen Aufschrei sorgten Äußerungen, mit denen Mixa einen Zusammenhang zwischen der "sogenannten sexuellen Revolution" und dem Missbrauch von Kindern durch katholische Priester herstellte. Und den Holocaust an den Juden und Abtreibungen in Deutschland nannte er in einem Atemzug. All das brachte ihm erbitterte Gegner ein.
Dem Bischof gefiel diese Diskussion um seine streng konservativen Positionen. Dazu zählte auch seine Sicht, wonach sich die Unmenschlichkeit des praktizierten Atheismus in Nationalsozialismus und Kommunismus erwiesen habe. Neben dem Regensburger Bischof Gerhard Ludwig Müller und dem Kölner Kardinal Joachim Meisner galt Mixa als Hardliner unter den deutschen Bischöfen.
Mixa wurde am 25. April 1941 in Königshütte in Oberschlesien geboren, musste als Kind 1945 aus seiner Heimat fliehen und besuchte dann das Spätberufenenseminar für Priester im oberpfälzischen Fockenfeld. Nach seinem Abitur 1964 studierte er in Dillingen und Fribourg in der Schweiz Theologie und empfing 1970 in Augsburg die Priesterweihe vom damaligen Bischof Joseph Stimpfle. Danach promovierte er in
1975 wurde Mixa dann zum Stadtpfarrer von Schrobenhausen ernannt, wo er bis zu seiner Berufung als Bischof von Eichstätt 1996 blieb. Im August 2000 ernannte ihn der damalige Papst Johannes Paul II. zum katholischen Militärbischof für die deutsche Bundeswehr. Im Juli 2005 berief ihn der jetzige Papst Benedikt XVI. zum Bischof von Augsburg. Der größte Erfolg seiner Bischofskarriere blieb ihm aber versagt. Er wurde nicht auf den Münchner Erzbischof-Stuhl berufen, obwohl er als aussichtsreicher Kandidat gegolten hatte.