Im Jahr 2012 begann mit der Gründung der Regionalliga Bayern nicht nur eine neue Zeitrechnung für den Amateurfußball im Freistaat, sondern auch für den FV Illertissen. Der Verein gehörte bis zur Saison 2011/2012 wegen seiner Grenzlage dem Württembergischen Fußball-Verband an, dann folgte der freiwillige Wechsel in den bayerischen Landesverband. Der FVI ist Gründungsmitglied der Regionalliga Bayern – und mit mittlerweile elf Jahren Zugehörigkeit zu dieser Spielklasse in der ewigen Tabelle vorn dabei.
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